از آنجا که پايان زندگی شمس در ابهام است، بهتر است که از آن، هماواز با پاره‌ای از تذکره نويسانش، همان به عنوان غيبت شمس ياد کنيم. بنابراين قرار، شمس دارای دو غيبت بوده است: غيبت صغری و غيبت کبری.

غيبت صغرای شمس، دوره کوتاهی است که وی بی‌خبر از قونيه می‌رود و ماه‌ها بعد از دمشق بازش می‌يابند. و غيبت کبری يا غيبت بزرگ شمس پس از سال ششصد و نود و پنج هجری قمری روی می‌دهد که ديگر از وی هيچگونه خبری در دست نيست.
جلال‌الدين مولانا هر دو بار در غيبت شمس سوگوار می‌گردد. و وقتی از يافتن او نااميد می‌شود بنياد سماع نهاد و شعرخوان و اهل طرب گرديد و يک دم مجال آرامش و آسايش نداشت.

حسودان و خودپرستان از اطراف زبان به طعن گشودند که: «دريغا نازنين مردی و عالمی ... که از ناگاه ديوانه شد و از مداومت سماع و رياضت، مختل‌العقل گشت و مجذوب شد...»

احتمال می‌رود که اگر شمس را نيز کشته باشند قتل او بر مولانا جلال‌الدين در آغاز پوشيده مانده است و وی آن را غيبت ديگری از شمس می‌پنداشته است. افلاکی حال مولانا را اين گونه بيان می‌کند:

مولوی مايوس از جستجوهای بيهوده خويش، به خاطر پيدا کرد مجدد شمس، سرانجام نغمه سوگ و تسلی سر می‌دهد و به خود نهيب می‌زند که:

دست بگشا! دامن خود را بگير!
مرهم اين ريش، جز اين ريش نيست!

مولانا هيچگاه شمس را فراموش نمی‌کند. وی همواره تا واپسين دم، خاطره‌ی شمس را با همه انصراف‌های ظاهری به عمق ستايش و عشق و اندوه بی‌پايان و حسرت بی‌کران زنده می‌دارد. و تصوير باشکوه اين پيروزی و شکست، و اين کاميابی و ناکامی سترگ را، برای هميشه و در ديوان کبير خود، در غزليات شمس خويش، غوغاگرانه در جريده‌ی عالم، به ثبت استوار می‌دارد.

در آخرين شعر مولانا که در بستر مرگ بر لبش جاری گشت بيان می‌کند که شمس را به خواب ديده و شمس خبر وفات او را داده است:

در خواب دوش پيری در کوی عشق ديدم
با دست اشارتم کرد که عزم سوی ما کن

گر اژدهاست بر در، عشق است چون زمرد
از برق آن زمرد، اين دفع اژدهاکن